Drugi rimski građanski rat označava sukob između Gaja Julija Cezara i Gneja Pompeja, koji je trajao od 49. do 46. godine st. e.
Nakon raspada prvog trijumvirata Cezar je januara 49. st. e., suprotno odluci senata, sa jednom legijom prešao reku Rubikon, koja je galske provincije delila od Italije. Samim tim počeo je građanski rat, jer je pojava prokonzula s vojskom u Italiji bila nezakonita. Glavne Pompejeve snage nalazile su se, međutim, u Hispaniji, pa je on zajedno sa velikim delom senatora pobegao u Grčku, nakon čega se cela Italija našla u Cezarovim rukama. Posle kratkog boravka u Rimu Cezar je krenuo u Hispaniju, gde je potukao Pompejeve trupe i prinudio ih na predaju. Po povratku iz Hispanije Cezar je proglašen za diktatora, ali je na toj dužnosti proveo svega 11 dana. On je definitivno vratio prava svima onima koje je Sula bio proskribovao, sproveo je izbore za konzule i vratio diktatorska ovlašćenja. Krajem 49. st. e. krenuo je u Grčku i iskrcao se u Epiru. U bici kod Farsale (48. st. e.) Pompej je bio potučen do nogu, ali je još uvek imao vojsku i flotu u Africi. Pompej se tako iskrcao na obali Egipta, računajući na podršku egipatskog kralja, ali se njegova nada izjalovila: plašeći se komplikacija, egipatski kralj izdajnički udesi da Pompeja ubiju.
Građanski rat se, međutim, time nije završio. Cezar je, idući za svojim protivnikom, došao u Egipat, gde se u to vreme vodila dinastička borba za vlast između Kleopatre i njenog mlađeg brata Ptolemeja Dionisa. Stigavši u Egipat Cezar je stao na Kleopatrinu stranu nadajući se, po svoj prilici, da će ga kraljica nagraditi ne samo svojom ljubavlju nego i novcem neophodnim za rat. Vojska i narod u Aleksandriji opredelili su se za kralja i otpočeli opsadu dvora u kome je bio Cezar. Međutim, Cezaru je stiglo pojačanje i on je u bici kod Nila (48. st. e.) odneo pobedu: Ptolemej Dionis je poginuo i vlast je pripala Kleopatri. U međuvremenu su se ostaci Pompejeve vojske i flote okupili u Africi, gde su primili nove regrute i odrede afričkih saveznika. Cezar je iskrcao svoju vojsku u Africi i kod Tapsa se sukobio sa pompejevcima, kojima je tada zadao presudan poraz (46. st. e.). Pompejevi sinovi Gnej i Sekst Pompej pokušali su da obrazuju novu vojsku u Španiji, ali je Cezar kod Munde uništio i poslednje njihove snage.
